Gynoflor sa používa:  na obnovu flóry Lactobacilla po liečbe niektorými liekmi (napr. antibiotikami); na liečbu miestnych komplikácií počas a po menopauze (suchá pošva, svrbenie, pálenie, bolesť počas pohlavného styku), ako aj na súbežnú liečbu spolu so systémovou hormonálnou substitučnou liečbou; na liečbu vaginálneho výtoku neznámeho pôvodu alebo miernych až stredne ťažkých prípadov infekcií pošvy, keď použitie antibiotík alebo chemoterapeutík nie je úplne nevyhnutné; na ochrannú liečbu opakovaných vaginálnych infekcií.